وكان المستشفى تعرض إلى الاستهداف المباشر في بواكير الحرب على غزة، وتوقف العمل به لفترة من الوقت، قبل أن يعود لتقديم خدمات في ظروف كانت مواتية، وبعد التوجيهات التي صدرت في حينها بالاستمرار في العمل.